Le terre abitate dai terramaricoli dovettero poi, nel corso dei secoli, essere invase dalle acque dei fiumi per venire di nuovo bonificate e occupate in epoca romana: nel 182 a.c. in questo territorio venne infatti fondata una colonia di novantadue centurie (da cui, secondo molti studiosi, il nome di Nonantola).

Il reticolo stradale ed il tracciato dei fossi di scolo, oltre a numerosi toponimi, permangono a testimonianza di tale colonizzazione.

La fiorente colonia fu abbandonata a seguito delle invasioni barbariche e delle alluvioni dei fiumi che trasformarono la zona in palude, fino a quando il  Duca  del  Friuli,  Anselmo,  insieme ai Frati Benedettini che lo seguirono, rese di nuovo abitabili le terre.

Anselmo fondò un monastero ed una chiesa che ben presto divennero un importante centro di lavoro e di intensa vita spirituale e culturale.

Nel 756  vennero traslate  a Nonantola   le  spoglie del  grande  pontefice  Silvestro  e  la  Badia,   che assunse   il   nome   di   Badia   di   San Silvestro, divenne meta di continui pellegrinaggi.

Sotto la guida di Anselmo, in poco tempo quasi un migliaio di monaci si aggregarono attorno al monastero dando vita ad una comunità laboriosa dedita al lavoro manuale, all’insegnamento delle scienze e al canto gregoriano.

Alla morte di Anselmo, nell’803, il suo corpo venne sepolto nella chiesa da lui fondata.

Nel corso dei secoli, la Badia ha dovuto affrontare numerose calamità e sventure: alla fine dell’800 un incendio la distrusse quasi completamente; pochi anni dopo, nell’899, dovette subire la devastazione degli invasori Ungheri; nel 1117 un terremoto rese necessaria la ricostruzione dei muri esterni e del tetto. Nonostante questi avvenimenti, la predilezione per il Monastero dimostrata da Carlo Magno e da altri imperatori suoi successori consentì a Nonantola di divenire un centro fiorente di attività economiche.

Il ricco patrimonio e gli estesi possedimenti finirono per attirare sul Monastero l’invidia e l’avidità dei potenti vicini, quali in Comune di Modena e il Vescovo di Bologna, cosicché nel 1058 l’abate Gottescalco decise di prendere provvedimenti per difendere il territorio.

Per   circondarsi  di  sudditi  fedeli, egli concesse i diritti civili a  tutti  coloro  che   abitavano  o che fossero venuti ad  abitare a  Nonantola,   e  distribuì  al   popolo  una    vasta   estensione di  terreno  a  comune utilità  da  essere  coltivato,  pascolato e  per tagliarvi legna.

In  cambio, gli  abitanti si impegnarono  a circondare a proprie spese il castello con mura e fossati entro il termine di sei anni.

Attorno   all’anno   1000  Nonantola  si   trovò  al   centro   dei contrasti  tra  Modena e  Bologna,  perché i possedimenti della Badia coprivano la fascia di terreno al confine tra le due città che era stata all’origine delle discordie.

Nel 1261 il Monastero si pose sotto il controllo dei  Modenesi che,  per  affermare  il   loro  dominio,  innalzarono  una  torre che da loro prese il nome.

Successivamente i Bolognesi, ai quali si erano uniti molti Modenesi contrari agli Estensi, riuscirono ad impadronirsi di Nonantola e costruirono a loro volta una torre (la Torre Nuova oggi chiamata la Rocca). Dal dicembre del 2007 la Torre dei Bolognesi ospita il Museo di Nonantola.

Inizia in questo periodo la decadenza del Monastero: le guerre sostenute, l’infelice amministrazione di alcuni abati, le tasse dovute ai numerosi padroni condussero l’Abbazia ad una situazione di estrema miseria.

Nel corso del XVI secolo i frati Benedettini furono sostituiti dai Cistercensi, i quali rimasero a Nonantola fino a quando, nel 1769, il Duca di Modena soppresse tutti i piccoli monasteri, affidando il governo dei beni della Badia a nove canonici.

La Rivoluzione Francese portò come conseguenza la soppressione degli ordini religiosi, l’incameramento dei beni del Monastero da parte della Repubblica Cisalpina e l’assegnazione di Nonantola al vescovo di Modena, che venne poi confermata dal duca Francesco IV in accordo con il Papa: per questo motivo al vescovo di Modena spetta tuttora il titolo di abate di Nonantola.

Venendo al periodo a noi più vicino, durante il secondo conflitto mondiale Nonantola diede il proprio contributo tangibile alla guerra di liberazione e aiutò un centinaio di ebrei, in prevalenza donne e ragazzi, a sfuggire ai campi di sterminio.

Questi vennero dapprima ospitati in una vecchia villa, Villa Emma, quindi furono nascosti nel seminario abbaziale e presso varie famiglie di privati ed infine aiutati a raggiungere la Svizzera.

Dal dopoguerra ai giorni nostri il paese si è notevolmente ingrandito e l’economia, basata prevalentemente sull’agricoltura, ha sviluppato importanti attività artigianali ed industriali.